Si barinj të perëndisë ata nuk e kanë njohur asnjëherë njëri-tjetrin. At Nikolla Marku e cilëson Janullatosin si uzurpues të fronit të Kishës Autoqefale të Shqipërisë. Si një klerik pa mandat që e ka përdorur Kishën sipas dëshirave greke duke i humbur autenticitetin shqiptar. Ja ç’thotë At Nikolla Marku për paligjshmërinë e Janullatosit: “Politika shqiptare dhe ajo pjesë që nuk e donte klerin të pavarur, ia dorëzuan kishën kryepeshkopit grek Janullatos. Fjalia e parë e tij kur erdhi ishte se erdhi përkohësisht, se do ringrinte kishat nga themelet dhe do largohej. Ndodhi e kundërta. Janullatosi i ndërtoi kishat në stilin kulturor grek. Të shqipërosh fjalët e Zotit në një kishë, duhet të dish traditën e atij populli dhe mënyrën se si ai shpreh gjuhën e tij. Shumë gjëra të përkthyera nga Fan Noli u zhdukën me ardhjen e Janullatosit, kemi një prezencë liturgjike gjysmën në gjuhën greke. Unë jam në krye të kishës si shërbëtor i Zotit për të përçuar të vërtetën. E akuzoj Janullatosin jo se ai ka bërë krime, por se pati shumë detyra nga shteti grek dhe shumë nga ato i ka realizuar. Ai peshkopët shqiptarë nuk i veshi. Kishat e ndërtuara prej tij janë të stilit grek. Nëse më parë ishte 90 për qind e gjuhës greke në mesha, tashmë është bërë 50 me 50, falë ndërhyrjeve tona. Ndërsa, lutjet e Janullatosit janë në gjuhën greke. Janullatosi është fatkeqësi e politikës sonë. Ne flasim shqip dhe në kishë duhet të lutem në gjuhën e nënës” Por edhe Janullatos nuk e njeh At Nikolla Markun si klerik dhe aq më pak si bari. “Kisha Ortodokse Autoqefale e Shqipërisë, i vetmi Institucion fetar ortodoks në Shqipëri, deklaron zyrtarisht, në mënyrë të përsëritur, se Nikolla Marku nuk është prift. Vetëshpallja e tij si prift nuk e bën atë klerik, as nuk e bën të pranueshëm nga të tjerët si të tillë. Është e qartë se ai vazhdon të përdoret dhe vetëpërdoret në mënyrë të përsëritur nga qarqe ekstremiste për sulme antiorthodhokse. Por, sado të përpiqet të paraqitet si superpatriot, ai është një kukull në duart e të tjerëve. Me sakrilegjet e përditshme që bën fyen rëndë dhe përdhos fenë e krishterë dhe jetën fetare të Shqipërisë, edhe më keq se në regjimin e mëparshëm, dhe mashtron në mënyrë flagrante opinionin publik shqiptar”. Kjo është vetëm një pjesë nga konflikti i hapur midis At Nikolla Markut dhe Janullatosit, i cili prodhon akuza reciproke në gjirin e Kishës Ortodokse, e cila nuk gjen paqe qysh prej rithemelimit të saj në fillim të viteve ’90.