E ndërtuar nga bizantinët si një kishë, Shën Sofia u kthye në një xhami pas çlirimit otoman të Kostandinopojës. Më vonë, pas shpalljes së Republikës Turke, u kthye në një muze. Gjendja e saj ka qenë gjithmonë e debatueshme gjatë periudhës republikane, dhe ka patur iniciativa të ndryshme nga politikanët për t’ia ndryshuar pozitën.
Poeti turk, Jahja Kemali, pati thënë më 30 mars 1922, “Unë kam zbuluar një të vërtetë: ky shtet ka dy baza morale, ezanin që Mehmet Ngadhënjimtari urdhëroi të thirrej në minaren e Shën Sofisë dhe që vazhdon të këndohet ende, dhe Kur’anin që sulltan Selimi I urdhëroi të këndohej në Hırka-i Saadet Dairesi (Hijeroren e Relikeve të Shenjta) në Pallatin Topkapë e që vijon të këndohet akoma.”
Shën Sofia, një nga simbolet e Stambollit, u ndërtua prej druri në vitin 360 nga perandori romak Konstantin, por ajo u dogj e shkrumbua pjesërisht gjatë një revolte në vitin 404. Perandori Teodos e restauroi më vonë ndërtesën, në 415-ën. Kur binaja u shkrumbua përsëri gjatë trazirave të Nika-së më 532, perandori Justiniani I e pati rindërtuar atë me gurë. Shën Sofia u rihap përsëri për adhurim në 537-ën, pas pesë viteve ndërtim, duke e bërë ndërtesën e tanishme mishërimin e tretë të Shën Sofisë. “Shën Sofi” do të thotë “Urtësi e Shenjtë”, që është një prej karakteristikave të Jezu Krishtit.
Ka zëra se Justiniani I u tregoi njerëzve për një shenjt që i doli në ëndërr dhe i tregoi tablonë e Shën Sofisë mbi një pjatë të argjendtë. Kur arkitekti tregoi po ashtu se shihte të njëjtën ëndërr, ndërtimi i binasë nisi menjëherë pas kësaj shenje spirituale. Por emri Shën Sofi nuk iu dha vetëm ndërtesës madhështore në Stamboll. Ka një sërë vendesh adhurimi me atë emër në shumë qytete të sunduara nga Perandoria Bizantine, por asnjëra prej tyre nuk është aq e lavdishme apo e famshme sa ajo në Stamboll. Të gjitha ceremonitë dhe tubimet fetare gjatë kohës së Perandorisë Bizantine u mbajtën te Shën Sofia. Kubeja e saj është shembur disa herë përgjatë historisë, dhe më vonë u rindërtua me material më të lehtë. Ajo u bë e dëgjuar ngaqë ishte kubeja më e madhe në botë. Ata të cilët e panë këtë vend të shndritshëm adhurimi, që kishte një ndriçim dhe akustikë të fuqishme, nuk mundën ta fshehin habinë e tyre. Delegatët rusë që e vizituan Shën Sofinë në shekullin e njëmbëdhjetë thanë se u ndjenë si të ishin në qiell.
Shën Sofia u rrënua pas pushtimit latin në shekullin e 13-të. Varret e komandantit të pushtimit latin dhe të venecianit Enrico Dandolo (dogjeut të 42-të të Venedikut), i cili vdiq në vitin 1205, janë brenda Shën Sofisë.
Përpara çlirimit turk të Stambollit më 1453, perandori bizantin kërkoi ndihmë nga sulltani otoman Murati II kur krisi kubeja e Shën Sofisë. Një arkitekt, i quajtur Ali Nexhxhar, u dërgua nga Edirneja, dhe ndërtesa u shpëtua. Arkitekti i raportoi sulltanit pas kthimit, dhe i tha, “Përgatita vendet e minareve.” Kjo frazë vë në dukje besimin se muslimanët do ta çlironin një ditë Stambollin, e se Shën Sofia do të kthehej në xhami. Kur turqit e rrethuan Stambollin, bizantinët u strehuan te Shën Sofia, e cila e kishte humbur tërë lavdinë e shkuar. Ata u lutën dhe pritën një mrekulli nga Shën Mëria e Virgjër, shenjtorja mbrojtëse e Stambollit. Por Virgjëresha e Shenjtë ishte në anën e turqve. Kur Mehmeti II e çliroi qytetin, u ngjit në kubenë e Shën Sofisë së rrënuar dhe tha dyvargëshin e mirënjohur nga Saadi Shiraziu, poeti persian: “Në sarajin e Çezarëve merimanga bëhet perdexhi, në kullat e Efrasijabit kukuvajka vajton me oi, oi…”
Otomanët e kthyen në xhami vendin më të madh të adhurimit në qytet kur e çliruan atë, dhe parapëlqyen t’i lënë siç ishin vendet e tjera të adhurimit. Pasi Kisha e Shën Sofisë u kthye në xhami më 1 qershor 1453, ajo u quajt Xhamia e Shën Sofisë, apo Xhamia Fetih. Sulltan Mehmeti II e restauroi ndërtesën dhe ndërtoi një minare. Pas tij, i biri, sulltan Bajaziti II, ndërtoi një tjetër, dhe nipi i vet, sulltan Selimi II ngriti dy minare të tjera; kjo është arsyeja pse të tëra minaret ndryshojnë nga njëra-tjetra. Sulltan Selimi II kontribuoi mjaft për zhvillimin e Shën Sofisë, dhe e restauroi atë plotësisht në vitin 1574. Selimi II dhe katër sulltanë të tjerë, që ishin pasardhësit e tij, janë varrosur në oborrin e Xhamisë së Shën Sofisë.
Pothuajse të gjithë sulltanët pas Selimit II i shërbyen xhamisë. Nga shkrimet e shenjta në mur te mozaikët, shumë vepra arti elegante iu shtuan xhamisë. Të rëndësishme janë biblioteka dhe shadërvani (shatërvani i përdorur për të marrë abdest), të ndërtuara nga sulltan Mahmuti I. Së fundi, sulltan Abdylmexhidi i caktoi vëllezërit arkitektë Fossati ta restauronin tërësisht ndërtesën në 1847-n, e të bënin ca shtesa të reja. Shën Sofia është një ndërtesë e periudhës bizantine, por u është borxh së tepërmi otomanëve ndërsa ende qëndron në këmbë. Shumë legjenda dhe histori fetare janë thënë për Shën Sofinë që në kohët bizantine, dhe turqit panë një shenjtëri të ndryshme në të. Në këtë pikëpamje, është korrekte ta konsiderosh Shën Sofinë si një ndërtesë otomane, e jo bizantine. Sulltanët dhe shtetarët shpesh i falën namazet në këtë xhami, që gjendet pranë Pallatit Topkapë. Veçanërisht namazi i teravive në natën e Kadrit, në muajin e Ramazanit, me pjesëmarrjen e sulltanit, ishte madhështor. Otomanët e çmuan Shën Sofinë si simbol të sovranitetit mbi Stambollin. Pasi aleatët mësynë në Stamboll në vitin 1918, disa prej grekëve kërkuan ta kthejnë Shën Sofinë në një kishë, duke i rënë një kambane në majë të ndërtesës. Sulltan Vahideddini i vendosi rreth Shën Sofisë 700 ushtarë të lënë për mbrojtjen e tij, dhe i urdhëroi të qëllonin këdo që do të përpiqej t’i binte kambanës majë xhamisë. Ai gjithashtu e pati rrethuar ndërtesën me dinamit, si një mjet i fundit për mbrojtjen e saj. Me veprimet e tij ai ia doli t’ia zgjaste jetën pak më tepër xhamisë.
Evlija Çelebiu, historiani dhe udhëtari otoman i shekullit të 17-të, do të thoshte se Shën Sofia kishte 361 dyer, e se 100 prej tyre kishin fuqi të mbinatyrshme. Ai po ashtu përmendi një derë që nuk mund të shihet nga askush. Sarkofagu i verdhë, i vendosur në krye të hyrjes kryesore në mesin e xhamisë, besohet t’i përkasë mbretëreshës Sofi, dhe thuhet të shkaktojë tërmete nëse preket. Gjindja e Perandorisë Bizantine besonte se priftërinjtë të cilët kryen lutjen e fundit ndërsa qyteti ishte nën rrethim u zhdukën duke hyrë në murin e altarit dhe se do ta vazhdonin ceremoninë me ta rimarrë qytetin nga turqit.
Në periudhën republikane
Në vitin 1931, gjatë kohës së qeverisë së Ismet Inonysë, arkeologu Thomas Whittemore iu drejtua qeverisë kemaliste duke i kërkuar leje në emër të Institutit Bizantin të Amerikës për t’i restauruar mozaikët në xhaminë e Shën Sofisë. Partneri i John D. Rockefeller-it, Charles R. Crane, ishte emri pas Institutit Bizantin. Ai mori një premtim mbi të ardhmen e Shën Sofisë nga presidenti i asaj kohe, Mustafa Kemal Ataturku, të cilin e mbështeti gjatë Luftës turke të Pavarësisë.
Ideja për një muze nxori krye gjatë kësaj kohe. Ataturku krijoi një komision me nëntë persona, njëri prej të cilëve ishte gjerman. Çdokush, përveç profesor Eckhard Unger-it, këshilloi që xhamia të mbyllej për falje. Përndryshe, Eckhard-i besonte se xhamia do të ruhej më mirë nëse përdorej si vend adhurimi. Këshilli i Ministrave mori më 24 nëntor 1934 vendimin që disa pjesë të Shën Sofisë të papërdorura për falje të ktheheshin në muze, me arsyetimin se nuk kishte para të mjaftueshme, e se kjo do ta bënte “të lumtur tërë botën lindore.” Kështu, Shën Sofia hapi dyert si muze më 1 shkurt të vitit 1935, pasi kishte shërbyer për njëmbëdhjetë shekuj si kishë, e për pesë shekuj si xhami.
Dekreti nuk thoshte asgjë mbi mbylljen e xhamisë për falje. Por synimin e vërtetë e zbulon teksti i propozimit që i qe dërguar kryeministrit nga ministri i Arsimit i kohës, Abidin Ozmeni, i cili i kishte në ngarkim artifaktet historike. Ai thoshte, “Po qe se Shën Sofia kthehet në muze, vlera turistike e Stambollit do të dyfishohet. Ata që e falin namazin te Shën Sofia mund t’i kryejnë lehtësisht detyrimet e tyre fetare në shumë xhami të tjera të vogla apo të mëdha pranë.” Shën Sofia nuk ishte e vetmja xhami që qe mbyllur për falje gjatë atyre kohëve. Në epokën e re, qindra xhami ishin mbyllur apo ishin përdorur për qëllime të tjera, ishin shkatërruar, ose u ishte shitur toka.
Kur xhamia u mbyll, qilimat antikë në të u prenë dhe u shpërndanë në vende të ndryshme, e shandanët u çuan në fonderi për t’u shkrirë. Me t’u kthyer xhamia në muze, u mbyll gjithashtu Medreseja e Shën Sofisë, që ishte universiteti i parë otoman në Stamboll. Ibrahim Hakkë Konjallë, një gazetar dhe historian kulturor, e tregon kësisoj historinë: “Ndërsa po shkruaja për Tan-in (një ish-gazetë e përditshme), në vitin 1934, u shfaq arkitekti i muzeut arkeologjik, Kemal Alltani. Ai tha me lot në sy, ‘Nga drejtimet që vijnë nga Ankaraja, ne zbritëm thellë nën dy minaret e xhamisë së Shën Sofisë. Sonte do t’i shembim të katër minaret. Prandaj, sikur t’i kisha shkruar atij një njoftim ku të thuhej se minaret e mbajnë kubenë, e nëse ato prishen, Shën Sofia do të shembet.’ Pasi njoftimi u botua, ata vendosën të mos i prishin minaret historike.”
Pas kthimit të Shën Sofisë në muze u bënë shumë deklarime, që thonin se nuk kishte një dekret të tillë të kabinetit që tregonte kthimin e Shën Sofisë, se ai u hartua nga ministri i i atëhershëm i Arsimit, Hasan Ali Jyxheli, se nënshkrimi i Ataturkut në dekret ishte i falsifikuar, e se dekreti nuk qe botuar në gazetën zyrtare, së cilës i mungonte gjithashtu një numër qarkullimi. Edhe sikur dekreti të ishte i njëmendtë, u tha se ai ishte kundër ligjeve themelore në kushtetutë. Ligji nr. 6.570 thotë se vendet e adhurimit nuk mund të përdoren për qëllime të tjera. Ama, revolucioni kishte ligjet e tij. Ashtu si shumë gjëra të bëra gjatë sundimit të një partie të vetme, Shën Sofia u kthye në muze sipas ligjeve të revolucionit.
Pas viteve 1950, kur Partia Demokrate erdhi në pushtet, u mendua mbi rihapjen e Shën Sofisë për falje. Këtë ide e mbështetën organizatatat joqeveritare dhe autorët nacionalistë. Rreth asaj kohe, Ahmet Emin Jallmani, një shkrues për një të përditshme, do të shprehej, “Duhet të shtypen kokat e atyre që duan ta kthejnë Shën Sofinë në xhami.” Ai më vonë, më 1952, u qëllua nga një i ri nga Malatja, i quajtur Hysejin Yzmez. Qeveria nuk dëshironte ta lëndonte Greqinë, për shkak të NATO-s, dhe do të bënte hapa prapa mbi këtë çështje.
Kur papa Pauli VI deshi të binte në gjunjë dhe të lutej te Shën Sofia gjatë vizitës së tij në vitin 1967, ministri turk i Punëve të Jashtme, Ihsan Sabri Çagllajangili, do t’i thoshte, “Ky vend nuk është as xhami, as kishë, por një muze. Nuk mund të mbahet këtu asnjë ceremoni fetare,” dhe do të përpiqej ta pengonte. E ndërtuar nga sulltan Abdylmexhidi, Lozha e Sulltanit, ku qëndronin sulltanët kur vinin në xhami, u hap për falje më 8 gusht të 1980-ës nga Partia e Drejtësisë (AP). Ezani filloi përsëri të këndohej te Shën Sofia, por gjithçka do të kthehej mbrapsht pas puçit ushtarak të 12 shtatorit. Kryeministri Jëlldërëm Akbullut i Partisë së Mëmëdheut (ANAP) do ta hapte edhe një herë për falje Lozhën e Sulltanit në vitin 1992. Gjithçka mori për ters kur ai premtoi ta hapte tërë Shën Sofinë për falje. Asnjë, edhe Partia e Shpëtimit Kombëtar (MSP), e cila adoptoi moto fetare, nuk qe në gjendje ta hapte Shën Sofinë për të kryer falje. Flitet se Abdylhakim Arvasi, i cili për vite me radhë mbajti leksione për Shën Sofinë, qe shprehur, “Do të doja që Shën Sofia të shkatërrohej, që muslimanët ta shmangnin këtë turp.”
