Romanovët ishin ende gjallë – dhe ato ofronin një pikë kthese si për Bolshevikët në një gjyq publik ashtu edhe për anti-bolshevikët në tentativë për t’i liruar. Vëllai i Nikolasit, Duka i Madh Mikail qe arrestuar nga Kerenski dhe më vonë u internua nga Bolshevikët në Perm, burgun e Uraleve. Më pas janë orët e errëta të 13 korrikut 1918 ku pesë njerëz të armatosur të Çekës, të udhëhequr nga një terrorist i vjetër në moshë që kish shërbyer në një nga burgjet e carit, inskenuan një arratisje të dukës së madh me qëllim ekzekutimin e tij. Plumbi që goditi trupin e Mikailit u shkri sapo ra në kontakt me të. Bolshevikët nuk e pranuan kurrë ekzekutimin dhe qarkulluan thashetheme se Mikailin donin ta lironin forcat monarkiste dhe se ai qe zhdukur. Ndërkohë për Nikolasin, Qeveria Provizore kish vendosur ta internonte bashkë me familjen e tij jashtë vendit, por Sovjetët kundërshtuan. Sakaq mbreti Britanisë, Xhorxhi V (kushuri me Nikolasin dhe gruan e tij Aleksandrën), i ofroi një pagesë në këmbim të marrjes së tij. Për rrjedhojë Kerenski e kish degdisur familjen mbretërore ruse në arrest shtëpie në gubernën e Tobolskit (treni që po dërgonte Nikolasin atje u mor si një “mision i kryqit të Kuq” dhe flamuri i tij u ngatërrua me atë të Perandorisë Japoneze). Simbolizmi i internimit siberian rezonoi. Por thashetheme u përhapën për jetën e paqtë të ish carit dhe të monarkistëve që donin ta lironin, kështu sovjetët e Uraleve vendosën ta çonin Nikolasin në Jekaterinburg. Por në Prill 1918, Sverdlov nisi një agjent të besuar për ta marrë atë nga Tobolski në Moskë. Ndërsa treni që kishte brenda carin po udhëtonte për në Moskë, sovjetët e Uraleve e rrëmbyen atë dhe e vendosën në një shtëpi që ia kishin rrëmbyer një ish oficeri të dalë nga ushtria, Nikolai Ipatjev, në Jekaterinburg, më pas rrethuan shtëpinë dhe i bënin roje. Në Moskë, Lenini urdhëroi zarat e tij që të merrnin materiale për të çuar Nikolasin në gjyq, një propagandë shpërtheu në shtyp por gjyqi vazhdoi të “shtyhej” gjithnjë e më shumë. “Në atë kohë” shkruante Trocki sa i takon periudhës që flitej për gjyqin “Lenini qe i zymtë.”
Në korrik 1918 legjionet Çekoslovake po avanconin në Jekaterinburg dhe komisarët e ushtrisë Bolshevike të Uraleve u dërguan në Moskë për të diskutuar mbrojtjen e Uralëve dhe njëkohësisht për fatin e Nikolasit dhe familjes së tij. Në 2 korrik, Këshilli i Komisarëve të Popullit caktoi një komision për të shkruar një ligj që do të shtetëzonte të gjithë pasurinë e familjes Romanov. Dy ditë më vonë, Çeka e sapokrijuar në Jekaterinburg do të largonte sovjetët e qytetit dhe do të merrej vetë me ruajtjen e familjes mbretërore. Nikolasi jetonte në gjendje të mjerueshme; ai zbuloi Protokollet e të Vjetërve të Zionit, trakti i turpshëm anti-semit i shkruar në Rusinë perandorake mbi një konspiracion global çifut. Të cilën ia lexoi me zë të lartë gruas së tij gjermane dhe vajzave; ndoshta komunizmi ishte një konspiracion çifut? Shumë shpejt Çeka sajoi një letër në frëngjisht e cila prezumonte konspiracionin e lirimit dhe rikthimit të carit. Me këtë pretekst, në natën e errët mes 16-17 korrikut 1918, pa asnjë akuzë të qartë, lëre pastaj për ndonjë gjyq, një “vendim” me vdekje u dha ndërsa skuadra e pushkatimit drejtonte armët ndaj Nikolasit, Aleksandrës, djalit të tyre Alekseji (trembëdhjetë vjeç), katër vajzave të tij (me moshë 17 deri në 22), mjekut të familjes dhe tre shërbëtorëve. Jakov Jurovski, djali i tetë i një familje me dhjetë fëmijë, një hebre që punonte si rrobaqepës dhe punues xhami (dhe një i dyshuar edhe si hajdut), udhëhoqi skuadrën e pushkatimit prej 11 personash. Breshëria e plumbave të lëshuar nga armët e tyre bëri rikoshet me muret prej tulle të gjysmë bazamentit ku u krye ekzekutimi dhe zhurma e tyre shurdhoi edhe një pjesë të skuadrës përgjithnjë. Alekseji i mbijetoi kësaj masakre – ai lëshoi një pasthirrmë – por Jurovski i shkoi sipër kokës dhe e goditi. Disa prej vajzave, trupat e të cilave mbanin bizhuteri që i mbrojte nga depërtimi i fishekëve u goditën me copa bajonete. Skuadra e Jurovskit varrosi trupat në një rrugë të fshatit Koptiaki rreth 12 milje në veri të Jekaterinburgut. Ata i hodhën acid sulfurik kufomave për t’i shfytyruar që të mos njiheshin dhe më pas i dogjën dhe i varrosën veç e veç trupat e Aleksejit dhe të një vajze që e ngatërruan me Aleksandrën. Në të njëjtën ditë, 19 korrik, Jurosovki shkoi në Moskë për të raportuar.
